少年ゴン＝フリークスがまだ見ぬ父親ジンと会うため、架空の花形職業であるハンターとなり、父親を探しながら仲間達との絆を深める様を描いた冒険活劇。純粋で素直な性格の、心優しき少年。世界中の未知の事象を探求し続ける者達を、“ハンター”と呼び、現在行方知れずの父親も、偉大なるハンターであった。その父の仕事にきょうみを持ち、父親との再会を願い、自らもハンターになった。強化系（念）能力者。収集癖のある冨樫が、収集の面白さを題材として「ハンター」を題名に含んだ作品を構想。どうせならば様々なハンターを描きたいと構想を広げたところで、ダウンタウンが「何で2回言うねん」とテレビ番組で発言してたことから着想を得て「HUNTER×HUNTER」と2回重ねたタイトルとした。
ゴンは幼少期に森で巨獣に襲われているところをカイトに助けられる。この時、死んだと聞かされていた父親ジンは生きており、優秀なハンターとして活躍していることを知る。ハンターに憧れを抱くようになったゴンはハンター試験の受験を希望。しかしハンターを快く思っていない里親であるミトは受験をさせないために難題な条件を提示するが、ゴンはこの条件を満たし、ハンター試験へと向かうべく故郷を旅立つ。道中、同じくハンターを志すクラピカ、レオリオと出会い行動を共にする。試験開始直後に同い年のキルアと出会う。この4人は次第に信頼関係を築き、協力し合いながら試験合格を目指す。