箱庭学園内に設置された目安箱は、24時間365日、生徒の誰もが、どんな悩みでも投書できる、通称“めだかボックス”! 目安箱に投書された案件を黒神めだかをはじめとする生徒会が解決するというものであり、無事解決すれば花が増える事となる。生徒達のあらゆる悩みを解決する為に完全生徒会長・黒神めだかの奮闘の日々が始まった!!
黒神めだか率いる箱庭学園生徒会。これまでの善吉、阿久根、喜界島に、副会長として球磨川が加わり、五人での活動が始まった。
安心院からめだか攻略の特訓を受ける善吉は、めだかに対する気持ちが、実は彼女への恋愛感情だったことに気付く。そして次期選挙で自ら生徒会長になることが、めだかへの「勝ち」になるという結論を出し、立候補の意を固める。
一方、第三勢力として委員長連合を手中に収めることを企てた球磨川は、カードゲーム勝負で紆余曲折の末、目的を達するが…。