時は、1986年10月4日。舞台となるは、大富豪の右代宮(うしろみや)家が領有する伊豆諸島の六軒島。年に一度の親族会議を行う為に、当家の親族達が集結しつつあった。一見和やかに、久しぶりの再会を楽しむ親族たち。
しかし、島で待っているのは「当主死亡後の財産分割問題」という、親族同士に暗雲を呼び込む議題。かつて当主が、島に隠れ住んでいるとされる魔女ベアトリーチェから、資金調達の担保の為に授けられたとされる10トンの金塊を巡って、長男の横領を疑う親族たち。それに対して、親族たちの困窮を見透かすかのように、反撃に出る長男。さらに余命の迫った当主は、自らの命だけでなく、親族郎党・資産の全てを生贄として捧げ、最愛の魔女ベアトリーチェの復活を願っていた。
そして、まるで彼らを閉じ込めるかのように、島は台風によって外部から隔絶され、巨大な「密室」と化してしまう。魔法陣が描かれた殺人現場から、次々と新たな犠牲者が出ていく中、欲望と疑心の渦巻く六軒島に、魔女ベアトリーチェからの予告状が続々と届けられていくのであった。
うみねこは一種の排他動物で、領地を占領するために仲間の噛みを時々発生する、付く相手が逃げるまで宣告休戦する。交配後のうみねこは他のうみねこの侵害を許さないで、たとえ他の幼い子はうっかり家の領地に落ち、情け容赦のない、それをつついて死ぬ。ゲームの名前「うみねこのなく頃に』は六軒島18人のメンバーの救出は嵐のあとにはうみねこが再び鳴泣までの時、家族の紛争や領地の占領を代表する。