「クール＆スパイシー」と評判の小学生・日奈森あむは、通っている聖夜学園の児童だけではなく、他校生からも尊敬されたり恐れられたりしているが、実際は意地っ張りで口下手で恥ずかしがり屋なごく普通の少女である。ある日、彼女は「どうかあたしに、なりたい自分に生まれ変わるための勇気をください」と願うと、翌朝彼女のベッドの中にチェック柄の3つのたまごが現れ、中からラン、ミキ、スゥの3人のしゅごキャラが生まれた。3人はともに彼女の「なりたい自分」が形になったものだった。
しゅごキャラが生まれたことで、あむは彼女と同じくしゅごキャラの持ち主の子供たちのみで構成された聖夜学園の組織・ガーディアンから、×たま（ばつたま）を浄化する特別役職・ジョーカーに任命される。さらには何でも願いを叶えてくれるという真っ白な卵･エンブリオを狙うイースター社との戦いに巻き込まれていく。彼女は×たま浄化を通じてイースター社側の人間をも改心させ、また彼女自身も成長していくこととなる。